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Introducción. Las libélulas son insectos depredadores y hemimetábolos, que conforman el orden Odonata con aproximadamente 6000 especies, agrupadas en 2 subórdenes. El presente estudio tuvo como objetivos caracterizar y actualizar la sistemática del orden Odonata, la distribución geográfica y temporal; caracterizar además, la diversidad genética, ecología de poblaciones y ensambles de adultos y larvas, patrón de emergencia a partir de exuvias, así como describir aspectos de la ecología reproductiva, en diversos hábitats del archipiélago cubano con fines conservacionistas. Métodos. La recolecta de ejemplares y datos se realizaron en 50 localidades de Cuba, desde 1995 hasta el presente con redes aéreas y acuáticas. Para estudiar las larvas, exuvias y patrón de emergencia, se seleccionaron 4 ambientes dulceacuícolas. Se registraron variables climáticas y los periodos lluvioso y poco lluvioso. Los ejemplares fueron procesados en laboratorios de las universidades de La Habana, Oriente y la extracción de ADN en Vigo. Se emplearon pruebas de normalidad, correlación de Pearson, componentes principales, máxima verosimilitud y estimación del nicho ecológico. Resultados. La odonatofauna cubana presenta 88 especies, en 6 familias, 41 géneros y 6 endémicos. Se describe la larva de 3 especies y se confeccionaron claves dicotómicas para larvas y adultos de Cuba y las Antillas. La distribución geográfica de libélulas en Cuba fue actualizada, con bases genéticas y ecología de poblaciones para proponer estrategias de conservación para Hypolestes. La estabilidad hídrica en ríos y lagunas, favorece ensambles de libélulas y la equitatividad de abundancia. Se estimó 30 muestreos semanales de recolecta de exuvias, para obtener riqueza específica máxima. Se crearon 5 grupos morfofuncionales larvales, y el patrón de emergencia resultó amplio y no sincronizado, sustentados por especies accidentales y multivoltinas. El análisis filogenético reveló 4 linajes antillanos para Hypolestes, con inferencias del cambio climático, período de vuelo, longevidad y evaluación ambiental como bioindicadores de los ecosistemas acuáticos.