Introducción: Ante la pandemia de COVID-19 causada por el nuevo coronavirus SARS CoV-2, Cuba estableció tempranamente un plan estratégico para su enfrentamiento, confirmando los primeros casos en marzo de 2020. El objetivo es identificar las variantes de SARS CoV-2 que circularon en Cuba desde marzo 2020 a septiembre 2022 y su relación con determinadas variables sociodemográficas y clínico epidemiológicas.

Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal. Se incluyeron 2105 muestras de pacientes positivos procedentes de todo el país. Se realizó extracción del ácido ribonucleico viral, amplificación y secuenciación de los genes N (nucleocápsida) y S (espícula). Los perfiles de mutaciones y la asignación de variantes se realizaron utilizando la base de datos GISAID.

Resultados: Durante el año 2020 circuló la variante D614G (84,2 %) y la cepa salvaje de Wuhan (5,2 %). En el 2021 se detectaron 18 variantes; entre ellas Alpha, Beta, Gamma, Delta y Omicrón (de preocupación). Las más frecuentes fueron Beta (34,77 %), Delta (24,89 %), D614G (19 %) y Omicrón (7,6 %). Delta se asoció con mayor incidencia de la enfermedad y Beta con la gravedad clínica. La variante Omicrón desplazó a Delta a finales del 2021, sin incremento de la letalidad. Durante el 2022 circularon las variantes de Omicrón, BA.1, BA.2 y BA.5. Conclusiones: La vigilancia genómica permitió demostrar la circulación de múltiples variantes en Cuba y su relación con la gravedad clínica y la transmisibilidad. El comportamiento relativamente más leve y la menor incidencia de la enfermedad causada por Omicrón podría estar influenciado por las altas coberturas de vacunación y la inmunidad natural adquirida durante la ola de la variante Delta.