Vigilancia genómica de las variantes de SARS CoV-2 que circularon en Cuba, marzo de 2020 a septiembre 2022

María Guadalupe Guzmán Tirado, Lissette Pérez Santos, Yahisel Tejero Suarez, Lisandra Mary Macias Roig, Dailyn Mederos, Mirtha Elisa Aguado, Yanet Pintos Saavedra, Odalys Valdés, Mayling Álvarez, Waldemar Baldoquín, Yenisleidys Martínez, Claudia Figueredo, Celine Naranjo, Lirialys Núñez, Daniela Morales Arredondo, Niurka E. Tamayo Pérez, María Karla Martínez, Dianelvys Rosell, Guelsy González, Yanaris López Almaguer, José Raul de Armas Fernández, José Angel Portal Miranda, Vivian Kourí Cardellá

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Resumen

Introducción: Ante la pandemia de COVID-19 causada por el nuevo coronavirus SARS CoV-2, Cuba estableció tempranamente un plan estratégico para su enfrentamiento, confirmando los primeros casos en marzo de 2020. El objetivo es identificar las variantes de SARS CoV-2 que circularon en Cuba desde marzo 2020 a septiembre 2022 y su relación con determinadas variables sociodemográficas y clínico epidemiológicas.

Métodos: Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal. Se incluyeron 2105 muestras de pacientes positivos procedentes de todo el país. Se realizó extracción del ácido ribonucleico viral, amplificación y secuenciación de los genes N (nucleocápsida) y S (espícula). Los perfiles de mutaciones y la asignación de variantes se realizaron utilizando la base de datos GISAID.

Resultados: Durante el año 2020 circuló la variante D614G (84,2 %) y la cepa salvaje de Wuhan (5,2 %). En el 2021 se detectaron 18 variantes; entre ellas Alpha, Beta, Gamma, Delta y Omicrón (de preocupación). Las más frecuentes fueron Beta (34,77 %), Delta (24,89 %), D614G (19 %) y Omicrón (7,6 %). Delta se asoció con mayor incidencia de la enfermedad y Beta con la gravedad clínica. La variante Omicrón desplazó a Delta a finales del 2021, sin incremento de la letalidad. Durante el 2022 circularon las variantes de Omicrón, BA.1, BA.2 y BA.5. Conclusiones: La vigilancia genómica permitió demostrar la circulación de múltiples variantes en Cuba y su relación con la gravedad clínica y la transmisibilidad. El comportamiento relativamente más leve y la menor incidencia de la enfermedad causada por Omicrón podría estar influenciado por las altas coberturas de vacunación y la inmunidad natural adquirida durante la ola de la variante Delta.

Palabras clave

VOC; No-VOC; gen S; SARS-CoV-2; Cuba


Copyright (c) 2023 María Guadalupe Guzmán Tirado, Lissette Pérez Santos, Yahisel Tejero Suarez, Vivian Kourí Cardellá, Lisandra Mary Macias Roig, Dailyn Mederos, Mirtha Elisa Aguado, Yanet Pintos Saavedra, Odalys Valdés, Mayling Álvarez, Waldemar Baldoquín, Claudia Figueredo, Celine Naranjo, Lirialys Núñez, Daniela MoralesArredondo, Niurka E. Tamayo Pérez, Yenisleidys Martínez, María Karla Martínez, Dianelvys Rosell, Guelsy González, Yanaris López Almaguer, José Raul de Armas Fernández, José Angel Portal Miranda, Yosiel Molina Gómez

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